Metode pembelajaran yang digunakan di SDII Al Abidin adalah metode Quantum Teaching yang diimplementasikan dengan metode : Thematic Teaching, Metode ini memberikan kesempatan pada siswa untuk mempelajari sebuah lingkup pembelajaran yang holistic dari sebuah tema pembelajaran; Student Active Learning, Dalam pembelajaran guru bertindak sebagai motivator dan fasilitator, dan siswalah yang berperan utama sebagai subjek utama pembelajaran; Quantum Learning, Metode pembelajaran yang interaktif dan menyenangkan. Dalam aplikasinya di kenal pula dengan istilah PAKEM ( Pembelajaran Aktif Kreatif Efektif Menyenangkan); Full Day School System.